Inference of genetic variability of Tunisian sheep: Implications for conservation

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Volume spécial - CSIEA2017, Article30

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Inférence sur la variabilité génétique des ressources ovines de la Tunisie : Implication dans la gestion et la conservation

Abstract – The aim of this study was to (1) to investigate the genetic variability within and among the five Tunisian sheep breeds; Barbarine (BAR), Queue Fine de l’Ouest (QFO), Noire de Thibar (NTH), Sicilosarde (SS), D’man (DM) and the crossbred (CRO : BAR x QFO) and (2) to evaluate the level of risk of each breed, to provide appropriate conservation strategies. The genotypes of 250 sheep were assessed using 17 microsatellites markers. A total of 312 alleles were identified in the whole population and all markers were highly informative, having a high mean level of polymorphism (PIC = 83%) and a high mean allelic diversity (18,41 ± 5,70). The genetic variability within breed was estimated in terms of mean number alleles (MNA), allelic richness (AR), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity and the inbreeding coefficient FIS. The findings evidenced a high genetic variability and limited inbreeding estimates within Tunisian breeds. A comparative approach revealed that BAR and NTH presented the highest level of variability and the least deficit of heterozygotes while the crossbred population (CRO) appeared the least genetically variable with the largest inbreeding value. Furthermore, the dilution of BAR genes following this crossbreeding practice (BAR x QFO) has been clearly highlighted. Consequently, urgent measures of conservation and sustainable management of the two main indigenous breeds BAR and QFO must be undertaken to prevent a complete loss of specifically adapted genes of Tunisian sheep, mainly present in the BAR breed.

Keywords: Tunisian sheep, genetic variability, microsatellites markers, conservation.

Résumé – L’objectif de cette étude est d’explorer le niveau de la diversité génétique des ressources ovines en Tunisie, tout en évaluant leur niveau de risque. Une analyse de la variabilité génétique a été réalisée à l’échelle moléculaire, à l’aide d’un panel de 17 marqueurs microsatellites ; ce qui a permis de génotyper 250 individus appartenant aux races Barbarine (BAR), Queue Fine de l’Ouest (QFO), Noire de Thibar (NTH), Sicilosarde (SS) et D’man (DM) et à une population hybride (CRO : BAR x QFO). Au total, 312 allèles différents ont été détectés. Une diversité allélique moyenne élevée (18,41 ± 5,70) ainsi qu’un niveau élevé du degré de polymorphisme (PIC = 83%) confirment la fiabilité des marqueurs microsatellites sélectionnés. Les paramètres de diversité génétique intra-populationnelle de chaque race ont été déterminés en termes de nombre moyen d’allèles (NMA), richesse allélique (RA), RA des allèles privés, hétérozygoties Ho et He, coefficient de consanguinité FIS et nombre de loci à l’écart de l’équilibre Hardy-Weinberg. Les valeurs des paramètres étudiés ont montré un niveau élevé de diversité génétique chez les ressources ovines tunisiennes. L’étude comparative de leurs niveaux de diversité a permis de classifier les différentes races selon leur potentiel de variabilité génétique. La BAR avec la NTH sont les races les plus variables, alors que le niveau de diversité génétique le plus faible a été enregistré chez l’hybride CRO. L’impact de l’hybridation anarchique entre la BAR et la QFO a donc été dévoilé suite à la mise en évidence de la grave menace de ces deux principales races ovines en Tunisie, notamment de la BAR qui souffre plus de l’érosion génétique et qui mérite de faire l’objet d’un programme de conservation.

Mots clés : Tunisie, Ressources génétiques ovines, Variabilité génétique, Microsatellites, Conservation.